分子生物学研究室在原来分子遗传研究室的基础上组建。本研究室着眼于国内需求和国际前沿，主要是针对林木分子生物学学科的一些重大的、关键的、前沿性课题开展研究，并将研究成果应用于林木分子育种，是一个以基础和应用基础科学研究为主，并承担高层次人才培养任务的研究室。本研究室的主要研究方向有木材形成的分子机理、林木基因工程、植物次生代谢分子生物学与代谢工程以及生物质培育等。本学科为重点学科，招收博士、硕士研究生，在全国有重要影响。
本研究室自组建以来，先后承担了“973”、“863”、国家科技攻关、农业科技成果转化、“948”、国家自然科学基金等项目，把研究室的科研水平推上了一个新台阶。五年来，发表科技论文30多篇，其中SCI刊源5篇；出版科技专著3部；授权专利1项；通过审定的林木新品种1个；获各类奖励3项，其中得国家科技进步二等奖1项，梁希林业科学技术一等奖1项。
研究方向：
A．木材形成的分子机理。
B．林木基因工程。
C．植物次生代谢分子生物学与代谢工程。
研究室主任：邱德有 研究员
在研项目
863项目，杨树木材发育的基因调控研究”(863项目)，主持人：卢孟柱，起止年：2006-2009，经费：50万。
国家自然科学基金项目，杨树形成层细胞分化过程中Ca++依赖型DNA酶作用的研究”，主持人：卢孟柱，起止年：2006-2009，经费：40万。
863项目，高产优质多抗杨树分子与细胞高效育种技术与品种创制，主持人：卢孟柱，起止年：2007-2010，经费：70万。
948创新项目，林木基因工程技术引进与创新，主持人：张守攻、卢孟柱，起止年：2006-2010，经费：860万。
院所长基因项目，采用基因芯片技术对胡杨树抗旱基因的研究，主持人：杜春光、卢孟柱，起止年：2007-2010，经费：105万元。
863项目，特色植物高效转化技术的研究，主持人：邱德有，起止年：2007-2010，经费：294万。
林业所所长基金(院所公益专项项目)，红豆杉细胞紫杉烷13α和14β-羟基化酶基因共调控的研究，主持人：邱德有，起止年：2007-2009，经费：30万。
948项目，虎眼万年青优良种质材料及其繁育技术的引进，主持人：邱德有，起止年：2006-2010，经费：50万。
国家自然科学基金项目，红豆杉细胞微小RNA的表达及其对紫杉醇生物合成相关基因调控作用的分析，主持人：邱德有，起止年：2007-2009，经费：30万。
国家科技支撑计划项目，商品林定向培育及高效利用关键技术研究”课题“能源林培育技术”。主持人：胡建军，起止年：2006-2010，经费：360万。
引进国际先进农业科学技术 ，杨树生物能源品种选育栽培技术引进，主持人：胡建军，起止年：2006-2010，经费：50万。
林木培育重点实验室课题，柳树生物能源品种选育及栽培技术，主持人：胡建军，起止年：2005-2008，经费：15万。
中德农业科技合作项目，林木转基因及风险评估，主持人：胡建军，起止年：2008-2009。
国家自然科学基金项目，利用拟南芥突变体研究MLO基因对维管系统发育的影响，主持人：王敏杰,起止年：2008-2010，经费：35万。
林业所所长基金(院所公益专项项目)，杨树次生维管系统发育的功能基因组学分析，主持人：王敏杰,起止年：2007-2009，经费：40万。
发表文章和著作
[1] Zhou Zhou, Zhang Deqiang, Lu Mengzhu. (2007) Cloning and expression analysis of PtFATB gene encoding the acyl-acyl carrier protein thioesterase in Populus tomentosa Carr.. Journal of Genetics and Genomics 34:267-274.
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[5] 张德强，赵树堂，卢孟柱，田林（2006）杨树Na+/K+反向运输蛋白基因（PtNHX1、PtNHX6）的克隆和检测，林业科学，42: 29-36.
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[59] 黄璐琦主编,《分子生药学》（第二版）,北京：北京大学医学出版社，2006。
[60] 高文远、贾伟主编、黄璐琦、邱德有副主编，《药用植物克隆培养及工业化生产》, 北京：化学工业出版社，2005。
[61] 黄璐琦主编，邱德有、梁宗锁、陈敏副主编，《丹参大全-丹参植物学研究》, 北京：人民卫生出版社，2008。
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著作
尹伟伦、胡建军. 2005. 杨树遗传图谱构建与数量性状基因定位，中国环境科学出版社, 北京,2005.
专利
一种抗天牛Bt基因及其应用（卢孟柱、尹新明、戴莲韵、王学聘、田颖川、陈军）：从苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis Berliner，简称Bt）中克隆抗虫基因，基因序列分析证明是新基因。其原核表达产物具有较高的杀天牛活性。为应用该基因防治杨树等林木遭受天牛危害提供了外源基因，为我国林业的天牛防治提供一条新的有效途径