近日，我所张建国课题组在沙棘果实发育相关环状RNA（circRNA）的鉴定及分析方面取得重要进展，研究成果以“Identification and
characterization of circular RNAs during the sea buckthorn fruit development” 为题在线发表于RNA Biology（https://doi.org/10.1080/15476286.2019.1574162）。论文第一作者为博士研究生张国昀，通讯作者为何彩云和张建国研究员。该研究得到了国家自然科学基金项目（31470616）和林业公益性行业科研专项（201504103）的支持。
circRNA是一种新的非编码RNA，具有共价连接的闭环结构，由反向剪接事件产生。目前已在许多植物物种中发现了大量潜在的circRNA，但对其在植物生物过程中的作用尚不十分清楚。论文在优化改进circRNA筛选方法的基础上，共鉴定出2616个与沙棘果实发育相关的circRNA，其中1721个(65.8%)来源于宿主基因的外显子，252个circRNA在沙棘果实3个不同发育时期差异表达。基于宿主基因功能注释，发现circRNA可能参与沙棘果实类胡萝卜素生物合成、脂质合成和植物激素信号转导。circRNA/miRNA/mRNA互作分析显示，53个circRNA富含miRNA结合位点，在细胞中对9个miRNA发挥海绵作用。通过设计circRNA背靠背特异引物（divergent primer）进行RT-qPCR和克隆测序，验证了6个circRNA的差异表达和反剪接位点。以上结果揭示了circRNA在沙棘果实成熟过程中具有重要的调控作用。
图：沙棘果实成熟相关circRNA/miRNA/mRNA相互作用网络预测（左）和circRNA表达与反剪接位点验证（右）