皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价
作 者：林富荣，邢俊连，孟艳琼，黄平，郑勇奇
期刊名称：植物遗传资源学报
影响因子：
卷 期 号：18（1）
页 码：148~154
关键词：皂荚; 转录组; EST-SSＲ; 多态性; 通用性
论文摘要：
本研究旨在开发皂荚 EST-SSＲ 分子标记，为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础。首先通过对已公布的皂荚转录组数据进行拼接得到 41003 个 Unigenes，总长度 70． 4 Mb，平均长度 1716 bp，N50 为 2533 bp。进一步在 7009 个 Unigenes 中检测到 8494 个 EST-SSＲ 位点，其中 1200 条 Unigenes 含有 2 个及以上的 SSＲ 位点，复合型 SSＲs 有 369 个。针对所有 EST-SSＲ位点设计得到 6494 条特异性引物，随机挑选 60 个位点进行试验验证与分析，其中 44 对引物可扩增出特异性片段，17 对具有多态性，PIC 值范围为 0． 195 ～ 0． 742，均值为 0． 501，且大部分多态性位点位于 UTＲ 区域。通过对皂荚近缘种进行跨种 PCＲ 扩增试验，结果显示在开发的 44 对有效引物中，9 个近缘种美国皂荚、日本皂荚、绒毛皂荚、滇皂荚、华南皂荚、小果皂荚、野皂荚、肥皂荚和美国肥皂荚分别有 32、31、23、24、7、40、25、18 和 18 对引物可获得有效扩增片段，说明 EST-SSＲ 标记在皂荚近缘种之间具有良好的通用性。研究表明利用转录组数据挖掘的 EST-SSＲ 位点具有扩增稳定、多态性良好、近缘种间通用等优点，是林木物种开发分子标记的有效途径之一。