穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析
作 者：王帅，邵芬娟，李论，芦强，邱德有
期刊名称：林业科学研究
影响因子：
卷 期 号：30( 5)
页 码：759-764
关键词：穗花杉; 转录组; SSR; 萜类合成基因; 分类
论文摘要：
［目的］通过对红豆杉科穗花杉属的穗花杉进行转录组测序，为穗花杉的萜类合成途径和分类学研究提供支
持。［方法］利用 HiSeq2500 技术对穗花杉的茎叶进行转录组测序。［结果］穗花杉转录组测序共得到 8． 14 Gb 的clean data。从头组装共获得 82 884 条 unigene，其中有 27 495 条 unigene 被注释。此外，在 82 884 条 unigene 中共搜索到 2 827 个 SSR 位点，单核苷酸重复 SSR 出现频率最高( 60． 1% ) ，其次为三核苷酸重复 SSR( 25. 4% ) 。在穗花杉unigene 中挖掘出了 1 个牦牛儿基焦磷酸合成酶( GPS) 、1 个法尼烯基焦磷酸合成酶( FPS) 和 5 个牦牛儿基牦牛儿基焦磷酸合成酶( GGPS) 的同源基因，同时得到紫杉二烯合成酶( TS) 同源基因 13 个。［结论］发现了 20 个与萜类合成有关的 unigene 和 2 827 个 SSR 位点，为今后穗花杉萜类生物合成研究，特别是紫杉二烯合成酶编码基因的研究打下了基础，也为该物种系统分类地位及遗传多样性研究提供了新的遗传信息。